Χλωρίδα
Στη λίμνη υπάρχουν 64 είδη και υποείδη υδροβίων και υγρόφιλων φυτών. Διακρίνεται το καλάμι, το νούφαρο, το ψαθί και το νεράτο.
Πανίδα

Ψάρια

Κατά το παρελθόν διέθετε 3 μόνο είδη ψαριών : τις τσίμες, τα μαρίτσια και τους τηλιανούς. Αφθονούσαν επίσης τα χέλια και οι καραβίδες. Από το 1920 έχει εμπλουτιστεί, σταδιακά, με νέα είδη όπως ο κυπρίνος, το γλανήδι, τα φυτοφάγα είδη κυπρίνων, ο κέφαλος. Σήμερα στη λίμνη συναντώνται 12 είδη ψαριών, όπως ο κυπρίνος, το γλήνι, η δρομίτσα, η τσίμα, τα φυτοφάγα κυπρίνια και ο κέφαλος.
Πτηνά

Πάνω από 30 είδη πτηνών, υδρόβια και παρυδάτια, υπάρχουν στη λίμνη. Πολλά από αυτά φωλιάζουν, ξεχειμωνιάζουν ή διέρχονται κατά τη χειμερινή περίοδο.
Υπάρχουν ερωδιοί, βουτηχτάρια, μπεκατσίνια, αγριόκυκνοι, κορμοράνοι και γλάροι
Θηλαστικά

Η βίδρα ένα σπάνιο είδος συναντάτε αρκετές φορές στα νερά της λίμνης.
Πολλές φορές η λίμνη παγώνει προσφέροντας ένα άκρως εντυπωσιακό φαινόμενο για τους επισκέπτες. Το 1434 είχε παγώσει ολόκληρη και έτσι ο Ντουραχαν Πασάς την περπάτησε όλη μαζί με τον στρατό του χωρίς να καταλάβει οτι περπατούσανε πάνω σε παγωμένα νερά.


Η λίμνη Παμβώτιδα έχει ενταχθεί στο Ευρωπαικό Δίκτυο Προστατευόμενων Περιοχών (NATURA 2000) λόγω των σπανίων ειδών χλωρίδας και πανίδας που διαθέτει.